A metodologia a ser aplicada para a quantificação de sobrepreço deve ser avaliada em cada caso concreto. Em situações normais, o Método de Limitação dos Preços Unitários Ajustado é cabível para avaliação de sobrepreço ainda na fase editalícia; enquanto o Método da Limitação do Preço Global deve ser aplicado no caso de contratos assinados.

Auditoria realizada na Universidade Federal da Integração Latino-Americana (Unila) com o objetivo de fiscalizar as obras de implantação do campus da entidade apontara "sobrepreço decorrente de preços excessivos frente ao mercado" no contrato firmado para a execução da primeira etapa das obras. A unidade técnica constatara um sobrepreço global de R$ 1,44 milhão, motivo pelo qual propôs que fosse determinado à Unila que repactuasse o contrato, realizando a redução dos seus custos unitários conforme a planilha de cálculo elaborada na fiscalização. A relatora, ao divergir desse entendimento, anotou que a unidade técnica teria aplicado indevidamente o "Método de Limitação dos Preços Unitários Ajustado – MLPUA, preconizado pelo acórdão 2.319/2009 – Plenário, por meio do qual o sobrepreço é calculado pela soma dos sobrepreços unitários, sem que se faça nenhuma compensação com os itens subavaliados". Destacou que, em situações similares ao caso concreto, "o TCU tem aplicado o método da limitação do preço global, o qual prevê a compensação entre preços super e subavaliados". A propósito, recorreu ao Acórdão 3443/2012-Plenário, segundo o qual o Método de Limitação dos Preços Unitários Ajustado – indicado como padrão pelo Acórdão 2319/2009-Plenário – não deve ser aplicado a todo e qualquer caso concreto. Segundo aquele precedente, o MLPUA é cabível quando o sobrepreço é “constatado ainda em fase editalícia. Afinal, o gestor não pode se afastar do seu dever em balizar os preços unitários de seu certame pelos referenciais da LDO, fazendo valer critérios de aceitabilidade de preços unitários e globais, tal qual prevê o art. 40, inciso X, da Lei 8.666/93. Outra possibilidade seria a limitação de preços unitários para serviços novos, incluídos por meio de termos aditivos, não crivados pelo processo licitatório". Nesse sentido, registrou a relatora que "em situações corriqueiras, o MLPUA mostra-se adequado apenas à fase editalícia. Havendo contrato assinado, a análise de eventual prejuízo ao erário deve ser feita por meio da avaliação global". Considerando as peculiaridades do caso concreto (sobrepreço global inferior a 1%, amostra analisada correspondente a 70% do valor contratual e desconto de 15% obtido na licitação), concluiu "não ser possível asseverar a prática de preços superiores às referências de mercado". Ponderou, contudo, que "a existência de distorções nos preços unitários pode propiciar a prática do jogo de planilha (...)", e que deve ser assegurado, nas alterações contratuais, o desconto original obtido.  O Tribunal, acolhendo o voto da relatora, determinou à Unila que encaminhasse quadro consolidado das alterações contratuais que tenham impactado a planilha orçamentária, com memória de cálculo das aferições dos quantitativos de todos os serviços materialmente relevantes da obra e a demonstração da não redução do desconto original, para posterior análise da unidade técnica. Acórdão 3650/2013-Plenário, TC 004.743/2012-1, relatora Ministra Ana Arraes, 10.12.2013.